Malte a opté pour un système décentralisé, dans lequel la proposition d’un contrôleur par le partenaire du projet est autorisée par la division Fonds et programmes au sein du ministère de l’économie, des fonds européens et des terres.

Le Contrôleur peut être interne ou externe. Si un contrôleur interne est choisi, il doit être indépendant de l’unité responsable des finances et des activités du projet. D’autre part, si le bénéficiaire opte pour un contrôleur externe, il doit être sélectionné par le bénéficiaire par le biais d’un appel d’offres ouvert, conformément à la réglementation nationale en matière de marchés publics. Le contrôleur doit être inclus dans la liste des commissaires aux comptes agréés maltais.

De plus, le contrôleur choisi devrait faire partie d’une liste préétablie émise par la division Fonds et Programme. Les contrôleurs figurant sur la liste auraient satisfait à un certain nombre de critères, dont la participation à une séance de formation générale tenue au début de la période de programmation, également organisée par la division Fonds et Programme, attestée par un certificat. En cas de problème concernant la performance des contrôleurs, on peut leur demander de suivre de nouveau la séance de formation générale. Si les problèmes persistent, cela peut entraîner la révocation du certificat obtenu.

Contrôle des coûts
Les coûts sont supportés par le partenaire du projet contrôlé et peuvent être déclarés comme faisant partie des dépenses dans le cadre du projet.

Autres contrôles effectués par l’autorité nationale
L’Unité de Coopération Territoriale au sein de la Division des Fonds et Programmes peut également effectuer des contrôles physiques sur place des projets financés dans le cadre de ces programmes afin de vérifier les résultats obtenus. Le résultat de ces contrôles sera transmis à l’organisme concernée pour commentaires et approbation éventuelle. Toute irrégularité financière possible est consignée dans un rapport d’irrégularité et communiquée au Secretariat Conjoint Interreg Euro-MED.